shutdown -Fh now

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shutdownコマンドの書式は次のとおりです。
shutdown [オプション] 時間
時間には、シャットダウンまでの時間（分）か、
シャットダウン開始時刻を「20:30」のように指定します。

-Fオプションを指定すると、次回起動時に強制的に
ファイルシステムをチェックします。

つまり、起動時に必ずfsckコマンドが実行されます。
反対に、-fオプションを指定すると、次回起動時に
ファイルシステムチェックをスキップします。

これらのオプションは単独で使用するのではなく、
通常-hや-rと共に用いられます。
以下のオプションも参考にしてください。

-h：シャットダウン後にシステムを停止する
-r：シャットダウン後にシステムを再起動する
-k：シャットダウンしないがユーザーに警告メッセージを出す
-c：シャットダウンをキャンセルする